Neben häufig sehr quälenden Symptomen, die nur zum Teil auf Medikamente ansprechen, hat die Erkrankung als Wichtigste eine bedeutende onkologische Komplikation. Reflux ist der stärkste Risikofaktor für die Krebsvorstufe Barrett und der Barrett wiederum ist der stärkste Risikofaktor für einen Speiseröhrenkrebs. Die Anzahl der Neuerkrankungen ist weltweit als einzige Tumorerkrankung steigend. Die Wahrscheinlichkeit der Entartung deckt sich mit der des dysplastischen Polypen (=Adenom) im Darm.

Selten können auch Engstellen in der Speiseröhre durch den Reflux entstehen.

Deutlich häufiger ist die Erkrankung benachbarter Organe durch nicht oder unzureichend behandelten Reflux. Sowohl die COPD, als auch Asthma haben einen engen Zusammenhang mit der GERD und werden zum Teil vom Reflux unterhalten bzw. bedeutend verschlechtert. In bis zu 40% wird Husten durch GERD verursacht und bei Patienten mit Asthma kann in bis zu 80% eine Refluxerkrankung nachgewiesen werden. Heiserkeit und Halsschmerzen haben oft auch die Ursachen in einer Refluxerkrankung.

Nicht richtig oder nicht ausreichend behandelter Reflux kann solwohl die Speiseröhre massiv schädigen, als auch an den benachbarten Organen großen Schaden anrichten. Eine “blinde” Therapie, insbesondere eine “blinde” Langzeittherapie mit Medikamenten ohne vorangegangene Abklärung des Reflux sollte unter allen Umständen vermieden werden.

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